Lata 90. dla Wyższej Szkoły Pedagogicznej to czas przemian w strukturze kształcenia, wychowania i systemu kierowania poszczególnymi jednostkami.W tym czasie rozpoczęły się  żywe dyskusje nad ideą utworzenia w Bydgoszczy uniwersytetu. Senat Wyższej Szkoły Pedagogicznej wyraża przekonanie, iż perspektywa powołania Uniwersytetu Bydgoskiego zbliża się, lecz by stała się rzeczywistością, konieczna jest dobra wola i racjonalne podejście do idei całej społeczności bydgoskiej, usilne i wielostronnie wspieranej przez region Bydgoski. W 1995 roku powołana zostaje fundacja na rzecz utworzenia uniwersytetu w Bydgoszczy. Trzy lata później Senat podejmuje uchwałę o zmianie nazwy uczelni na Akademia.

W 1998 roku dokonano uroczystego otwarcia Muzeum Dyplomacji i Uchodźstwa Polskiego, tym samym cenne dokumenty i pamiątki po ostatnim konsulu II Rzeczypospolitej – Karolu Poznańskim, zostały udostępnione szerszej publiczności. A to nie koniec sukcesów...